Ўзбекистон Республикаси Фанлар Академияси Абу Райҳон Беруний номидаги Шарқшунослик институти 1943 йил Ўзбекистон Давлат халқ кутубхонаси (ҳозирги Алишер Навоий номидаги кутубхона) нинг Шарқ бўлими асосида ташкил топган ва 1950 йилгача Шарқ қўлёзмаларини ўрганиш институти деб аталган. 1950 йилда эса институтда олиб борилаётган илмий соҳалар қамровини ҳисобга олиб, Шарқшунослик институти деб номланган.

Дастлаб институтда Шарқ қўлёзмаларини ўрганишга мўлжалланган ягона бўлим мавжуд бўлиб, кейинчалик қўлёзмаларни таснифлаш, илмий ўрганиш ва тавсифлаш, тадқиқ этиш ва нашрга тайёрлаш, шунингдек, Шарқ халқларининг сиёсий, иқтисодий ва маданий алоқаларини ўрганишга ихтисослашган бўлимлар ташкил этилди. Ҳозирда бу институт Ўзбекистон Фанлар академияси Абу Райҳон Беруний номидаги Шарқшунослик институти деб аталади.

Институтнинг илмий фаолияти, асосан, бу ердаги қўлёзмалар фонди билан боғлиқ. Бу қўлёзмалар мажмуаси илмий жиҳатдан дунёдаги энг йирик ва машҳур хазина ҳисобланади. Бу хазинада сақланаётган асарларнинг ичида энг қадимийси IХ асрга оид, энг янгилари эса ХХ асрнинг биринчи чорагига тўғри келади.

Қўлёзмалар мажмуасидаги асарлар ўзбек, араб, форс, тожик, урду, пушту, озарбайжон, турк, татар, туркман, уйғур ва бошқа шарқ халқлари тилларида ёзилган. Мазкур асарлар ўрта аср ва ундан кейинги даврлар фанининг турли тармоқларига, яъни тарих, адабиёт, фалсафа, ҳуқуқ, фалакиёт, кимё, табобат, жуғрофия, доришунослик, тил, мусиқа, математика, маъданшунослик ва бошқа соҳаларга оид.

Ҳозирги кунда қўлёзмалар хазинасида 25621 жилд китоб сақланмоқда. Китобларнинг кўпига бир қанча рисолалар жамланган бўлиб, шу боисдан асарлар сони китоблар сонидан бир мунча ортиқ. Тошбосма ва нашр этилган китобларнинг умумий сони 39300 жилдни ташкил этади. Улар Ўрта Осиё ва Шарқ мамлакатлари – Туркия, Эрон, Афғонистон, Покистон, Ҳиндистон, Хитой ва араб мамлакатлари тарихини ва улар орасидаги сиёсий, иқтисодий, маданий, дипломатик алоқалар тарихини ўрганишда ўта муҳим аҳамият касб этади.

Институт қўлёзмалар хазинасида ислом дини тарихи, исломий илмлар ва тасаввуфга оид араб, форс, эски ўзбек тилларида IХ-ХIХ асрларда ёзилган кўплаб асарлар мавжуд. Уларнинг ичида энг қадимийси Қуръони каримнинг IХ асрда куфий хати билан китобат қилинган нусхасидир. Сураларнинг номи эса яна ҳам қадимийроқ куфий хати билан ёзилган. Шунингдек, институт хазинасида Қуръони каримнинг моҳир хаттотлар томонидан турли даврларда насҳ хатида кўчирилган нусхалари ҳам сақланади.

Фондда яна минг йиллик тарихни қамраб олган турли соҳаларга оид архив ҳужжатлари сақланади. Улардан энг қадимийси Х асрга ва энг янгилари ХХ аср бошларига тўғри келади. Бухоро, Хива, Қўқон хонликларига оид архив ҳужжатлари уларнинг асосий қисмини ташкил этади. Айни вақтда бу ҳужжатларни ўрганиш ва нашр этиш бўйича тадқиқотлар олиб борилмоқда.

1952 йилдан бошлаб институт хазинасида сақланаётган қўлёзмалар фиҳристини нашр этиш ишлари йўлга қўйилди. Бугунги кунга келиб, «Ўзбекистон Республикаси Фанлар Академияси Шарқ қўлёзмалари тўплами» номли фиҳристнинг 11 жилди ва тарих, табобат, табиий фанлар, тасаввуфга оид ҳамда «Шарқ миниатюралари» (2 жилд) каталоглари ҳам нашр этилди. Қўлёзмаларни каталоглаштириш ишлари давом эттирилмоқда. Институтда яна илм-фаннинг буюк даҳолари: Абу Наср Форобий, Абу Али ибн Сино, Амир Ҳисрав Деҳлавий, Абдураҳмон Жомий, Алишер Навоий қаламларига мансуб асарлар қўлёзмаларининг алоҳида фиҳристлари ҳам чоп этилган.

Институтда буюк сиймолар: ал-Хоразмий, ал-Фарғоний, ал-Беруний, Ибн Сино, Форобий, Улуғбек, Имом ал-Бухорий, ал-Марғиноний, ал-Мотуридий, ва бошқа шулар каби жаҳон илм-фани ва маданияти ривожига улкан ҳисса қўшган алломаларнинг илмий меросини ўрганиш ишлари ҳам йўлга қўйилган.

Ҳозирги замон шарқшунослигининг муҳим ва сиёсий аҳамиятига эга бўлган йўналишларидан бири бўлган Шарқ мамлакатлари ривожининг замонавий муаммоларини ўрганиш, шунингдек, бу мамлакатларнинг мустақил Ўзбекистон билан кўп қиррали алоқаларини тадқиқ этишга ҳам жиддий эътибор берилмоқда.

Қўлёзмаларнинг бир жойга тўпланиши ва бой маънавий мерос хазинасининг вужудга келиши натижасида шарқ халқлари ёзма меросини ўрганиш ва уларни нашр этиш бўйича жиддий бир мактаб вужудга келди. Бу мактаб фаолиятига мансуб бўлган фан ва маданият тарихига оид тадқиқотлар, ноёб нашрлар, кўп жилдлик фиҳристлар Ўзбекистон шарқшунослигининг дунёдаги шу каби барча илмий марказларида эътибор қозонишига сабаб бўлди.